甘肃农业大学化学一级学科依托学校优势学科，以化学与农业科学结合为特色，形成了化学生物学、有机化学、无机化学学科方向，涵盖等离子体化学及应用研究、生物毒素降解技术及其机理研究、食品化学研究、食品蛋白质及多肽构效机理研究、绿色农（兽）药的合成及其活性研究、中药材中有效成分提取分离及功能性应用研究、农（兽）药及缓释肥料新材料开发应用研究等多学科交叉研究方向。学科围绕地方经济及行业发展，将化学与生物、食品、草学、畜牧、农学等学科相结合，培养具备良好的化学背景、系统掌握化学相关理论、具备科研能力的综合型人才。学科拥有天然产物与中药资源化学中央与地方共建实验室、甘肃省基础化学实验教学示范中心、农业资源化学与应用研究所等科研平台。现有实验室近5 000 m²，仪器设备约1 000万元；现有教师43人，其中教授9人，副教授21人；博士22人，博士后4人，国外访学10人。近5年，承担国家自然科学基金10项，省部级课题26项，累计科研经费1000万元；发表论文210余篇，其中SCI 40篇；获省部级奖9项，发明专利20项。